С удовольствием почитал рассуждения о ссылках на блоге у Ильи Бирмана, и хочу подвести для себя некоторые выводы.

• В меню (если понятно, что это меню) ссылки можно выделять как душе угодно.
• Если на сайте нет буйства цветов, то ссылки можно не подчеркивать (другой цвет — значит ссылка).
• Если не подчеркиваешь, то делай ссылки синими (чтобы аналогии возникали с «популярными» сайтами).
• В версиях для планшетов и мобильных, лучше подумать над другим способом выделения ссылок.
• Тонкое подчеркивание только для шрифтов без засечек (имхо). В остальных случаях border-bottom!
• Вопрос анимации ссылки — это вопрос личного восприятия. Главное, чтобы не мешала.
• Заголовки статей (и других «ожидаемых» ссылок) можно не подчеркивать (имхо).
• Если используешь подчеркивание у псевдоссылок, то, будь добр, и у обычных ссылок его использовать!
• ...

Вывод: Важно поднимать вопросы ожиданий и мышления пользователя, а не следовать своим желаниям. Если ты, конечно, не для себя только сайт сделал!